Abstract The Colombian Amazon region is part of the Neotropical rainforest (humid forest biome) covering an area of 483,163 km2 and includes tributaries of both the Amazon and Orinoco River basins. The aquatic ecosystems found there include: rivers and alluvial plains originating in Andean headwaters, on eroded soils of tropical forests in the lowlands, and Guiana Shield formations, comprising a dense fluvial drainage network in the lowlands, with Paleogene/Neogene geological formations (terra firme streams in higher places that don’t usually flood) and Paleozoic (shield streams); and Andean and Guiana Shield streams above 200–250 m a.s.l. We present here an exhaustive compilation of published information, supported by fish collections, consisting of a list of 1104 species distributed in 375 genera, 53 families, and 16 orders. We include occurrence data of these species in each sub-basin. The presence/absence species matrix was analyzed using a dendrogram and non-metric multidimensional scaling (NMDS) analysis to identify patterns of similarity between basins and sub-basins. We evaluated species composition between basins and among the different geological origins using PERMANOVA. The dendrogram shows co-occurrences of 404 species in the two basins. It also shows two clear groupings of the sub-basins of the Amazon (except Guainía-Negro drainages) and those of the Orinoco. Within the Amazon Basin, there are two nodes according to the geological origin: systems of Andean origin and those of the lowlands. The dendrogram results are consistent with the NMDS analysis, which shows a clear grouping according to the connectivity of the basins; the Guainía-Negro is included in the Amazon basin. Species distribution patterns were supported by the PERMANOVA, and differed significantly between basins (F = 4.3, R = 0.26, P = 0.003) and geological origin (F = 3.6, R = 0.23, P = 0.003). The number of species in this study represents almost a fifth of the ichthyofauna of the Neotropics and about a third of that of the Amazon River basin; clearly supporting Colombia’s status among the countries with the greatest diversity of freshwater fish species of the planet. We include here a significant number of new records (75 spp), provide a first approximation of the distribution patterns, and a framework for future biogeographical studies.

Resumo La región de la Amazonía colombiana hace parte del bosque húmero neotropical (bioma de selva húmeda) abarcando un área de 483.163 km2 e incluye afluentes de las cuencas del Amazonas y Orinoco. Los ecosistemas acuáticos encontrados allí incluyen: ríos y llanuras aluviales, originándose en cabeceras andinas, en suelos erosionados de bosques tropicales en tierras bajas y en formaciones de escudos; conformando una densa red fluvial en tierras bajas con formaciones geológicas paleógenas-neógenas (arroyos de terra firme en sitios elevados que usualmente no se inundan) y paleozoicas (arroyos de escudo); y arroyos andinos y del escudo Guayanés por encima de 200–250 m s.n.m. Presentamos aquí una recopilación exhaustiva de información publicada, sustentada por colecciones ictiológicas, consistiendo en una lista de 1104 especies distribuidas en 375 géneros, 53 familias y 16 órdenes. Incluimos datos de estas especies en cada subcuenca. La matriz de presencia/ausencia de especies fue analizada usando un dendrograma y un análisis de escalamiento multidimensional no métrico (NMDS) para identificar patrones de similitud entre cuencas y subcuencas. Se evaluó la composición de especies entre cuencas y entre los diferentes orígenes geológicos usando PERMANOVA. El dendrograma refleja coocurrencia de 404 especies en las dos cuencas. También muestra dos agrupaciones claras de las subcuencas del Amazonas (excepto Guainía-Negro) y las del Orinoco. Dentro de la cuenca amazónica existen dos nodos según el origen geológico: los sistemas de origen andino y los de tierras bajas. Los resultados del dendrograma son consistentes con el análisis NMDS, el cual muestra una clara agrupación según la conectividad de las cuencas; el Guainía-Negro está incluido en la cuenca del Amazonas. Los patrones de distribución de especies fueron respaldados por el PERMANOVA y difirieron significativamente entre cuencas (F = 4.3, R = 0.26, P = 0.003) y origen geológico (F = 3.6, R = 0.23, P = 0.003). El número de especies en este estudio representa casi la quinta parte de la ictiofauna del Neotrópico y alrededor de un tercio de la de la cuenca del río Amazonas; soportando el estatus de Colombia entre los países con mayor diversidad de especies de peces de agua dulce del planeta. Incluimos aquí un número importante de nuevos registros (75 spp), brindamos una aproximación de los patrones de distribución y un marco para futuros estudios biogeográficos.